常见的光化学疗法的近期副作用有：
（1）肠胃反应有胃部不适、恶心、食欲不佳等，见于补骨脂素内服的病人。
（2）红斑反应为紫外线照射剂量过大所致。如红斑反应重应暂停照射。在红斑消退后，适量的减少照射剂量。
（3）皮肤瘙痒、干燥，常发生在治疗一段时间后。
其他副作用较为少见，曾有多毛、甲下出血、甲剥离、雀斑样色素沉着、痤疮样发疹、红斑狼疮样反应、皮肤疼痛、诱发类天疱疮、中毒性肝炎等报告。
远期副作用主要有：
（1）皮肤老化，这主要是长期的照射反应可促使皮肤发生老化。临床表现为点状色素沉着和脱失、皮肤干燥、萎缩和角化过度等。
（2）引起白内障，文献中已有一些这样方面的报道。但这些病人中，有一大部分很难排除与其他因素有关，如内服皮质类固醇激素、糖尿病、年老等。尽管如此，也无法否认其白内障的发生与紫外线照射无关。
（3）光化学疗法具有致癌的作用。根据近几年来的一些研究证明光化学疗法具有致癌作用，它与多种因素有关，如人种、肤色的深浅、生活环境、机体免疫情况、以往的治疗史、紫外线照射的累积剂量等。
